No tempo em que as relações entre a Igreja fazia parte do corpo do Estado, o presidente da Província de Goiás, general Couto de Magalhães, apresentou à Assembléia Legislativa a proposta de criação do seminário. Em 1858, o projeto de autoria do deputado Filipe Cardoso de Santa Cruz conseguiu destinar nove contos de réis para o pagamento de professores do futuro seminário. Aliás, o nome da instituição "Santa Cruz" é uma homenagem ao seu primeiro benfeitor, o deputado Filipe Cardoso. O Seminário foi criado pelo decreto imperial datado de 3 de março de 1860. Neste dia, a liturgia da Igreja celebrava a festa da identificação da Cruz de Jesus Cristo, encontrada nas escavações procedidas por Santa Helena, no monte Calvário.

O decreto foi assinado pelo imperador Dom Pedro II. Dom Joaquim Gonçalves de Azevedo, terceiro bispo de Goiás, inaugurou o seminário em 6 de janeiro de 1872, em Vila Boa, então capital da província de Goiás. Seu primeiro reitor foi o padre Nicolau de Almeida, com 38 estudantes. Em 1876, este número subiu para 59 alunos. Nesta época, o Seminário Santa Cruz não recebia somente candidatos ao sacerdócio, mas também outros alunos que queriam aproveitar a qualidade do ensino da instituição.

Em 1879, com a saída de Dom Joaquim para a Bahia, o presidente da província Luiz Augusto Crespo suspendeu o pagamento aos professores, o que levou ao fechamento do seminário. Mas em 1880, o monsenhor Joaquim Vicente de Azevedo, conseguiu reabrir o seminário.

Com a chegada de Dom Cláudio José Ponce de Leão à Goiás, em setembro de 1881, iniciou-se um período de crescente progresso para o seminário. Com a proclamação da República, em 1889, e a separação da Igreja do Estado, e em com a transferência de Dom Cláudio para Porto Alegre, foi enviado para esta diocese Dom Eduardo Duarte Silva, assumindo a diocese num período de penúria financeira. Dom Eduardo milagrosamente conseguiu recursos para transferir o seminário para Ouro Fino, em 1892.

Por pressões políticas, Dom Eduardo teve que deixar Goiás e passou a residir em Uberaba, na época também território da diocese. O seminário ficou fechado, e o prédio ocupado pelos correios. Com a criação da diocese de Uberaba, em 1906, Dom Eduardo foi nomeado seu primeiro bispo.

Em 1907, Dom Prudêncio Gomes da Silva chega à Goiás e toma posse da diocese com o claro objetivo de reabrir o seminário. Com o apoio das comunidades, luta pela devolução do antigo prédio do seminário, e encontrou a oposição do senador Leopoldo de Bulhões, que afirmava que o prédio pertencia ao estado, pois fora construído com recursos oficiais. Mas o projeto de devolução foi aprovado no Congresso Nacional, e sancionado pelo presidente Hermes da Fonseca, em janeiro de 1913. Em outubro daquele ano, a diocese recebeu de volta a propriedade do edifício.

Desde 1911, já estudavam no Seminário Santa Cruz, de forma improvisada, 63 estudantes. Em 1914, os padres do Verbo Divino assumem a direção do seminário.

Mas em 1917, nova crise leva o seminário a fechar suas portas. As despesas eram altíssimas, e a diocese passava por momentos difíceis. Dom Prudêncio decide vender o prédio da cidade de Goiás para a União, mas não teve tempo de fazê-lo. Morreu numa visita pastoral à cidade de Posse, em agosto de 1921.

Dom Emanuel Gomes de Oliveira assumiu a diocese de Goiás em 1923. Com tantas dificuldades financeiras, e a saída dos padres do Verbo Divino da direção do seminário, dom Emanuel decide transferir o seminário para Bonfim (hoje Silvânia), onde funcionou provisoriamente na casa de Dona Joaquininha. Em 1941 começaram as aulas no prédio novo, construído numa colina próxima à estação da estrada de ferro, a seis quilômetros da cidade.

Neste período, era reitor do seminário o Cônego Antônio Ribeiro de Oliveira, que implantou também na instituição os cursos de Filosofia e Teologia. O corpo docente era formado nesta época por Côn. Antônio Ribeiro, Pe. Cirilo Talpka, Pe. Adolfo Serra, Pe. Nelson Fleury, o salesiano Pe. Cleto Caliman, o redentorista Pe. Alexandre Mine, e o franciscano Frei Marcelo.